國立澎湖科技大學行銷與物流管理系，以行銷與物流專業知識為基礎，著重於就業職能培養的實務課程。

課程包括行銷與傳播企劃製作、零售通路經營和物流倉儲技術，並開設國際貿易、國際運銷和水產品低溫物流等相關課程。

系所與業界建立合作關係，增加實習及產學合作的機會。同時，系所以實務問題為導向，訓練學生完成專題之能力，增加就業競爭優勢。

為了符合業界需求，國立澎湖科技大學資訊管理系特別加強電腦網路、程式語言、電子商務、資料庫管理、工商管理等課程

著重於「資訊系統掌握應用，商業管理實務整合」的教學重點，讓學生能獲得紮實的軟硬體基礎訓練，並具備開發及管理整合系統的能力。

國立澎湖科技大學電機工程系以「系統設計與自動控制」為課程規劃目標，著重於培養學生就業所需的相關技術能力。

其中，主要發展重點包括「電子儀表」、「電腦控制」、「單晶片應用」、「機電整合」、「綠色能源應用與開發」等實務課程。

此外，該系以「綠能應用與開發」為特色，尤其在風力發電以及太陽光電發電系統方面有深入的探討。

國立澎湖科技大學資訊工程系為達成「規劃為理論與實務並重，人文與科技均衡」的教育目標，配合學校整體教育目標，將課程發展方向定位為網路技術與服務、數位內容與應用兩大方向。

系所主要強調網路系統、軟體系統、嵌入式系統等領域之質優專業人才培育，以提供業界穩定、優良的人力資源。

國立澎湖科技大學電信工程系的課程規劃以一般電子電機課程為基礎，並搭配「通訊及信號處理」與「射頻微波」兩大學程，形成設計、製造與量測上中下游一貫之流程。

學生可藉由此課程規劃獲得電子電機的基礎訓練，並且根據個人性向選擇一專業領域進行深入研究。

國立澎湖科技大學食品科學系課程強調理論與實務並重，尤其聚焦於工廠實務及食品產業技術兩大重點。

課程內容包括各項工廠管理、法規、產品開發、品管等專業知識及實務，並積極將食品產業技術融入課程與實習中。

目的是培育學生具備專業素養、實務經驗與樂觀、服務、創意、國際觀等特質，使其能夠掌握時代脈動，並滿足社會對於食品科學專業人才的需求。

國立澎湖科技大學水產養殖系專業課程主要涵蓋海水魚、蝦、貝類繁養殖及其生態資源兩大領域。

課程中包含8個學期的「養殖場實習」，讓學生能夠獲得現場養殖的經驗，3個學期的「專題研究」訓練學生具備發掘及探討問題的能力，以及一個暑假的「業界實習」，使學生了解產業現況。

透過這些實務學習和研究機會，學生可以獲得專業知識和技能，並培養解決問題和適應產業發展的能力。

國立澎湖科技大學餐旅管理系課程分為兩大領域：餐飲廚藝與旅館管理及實務。

課程中著重提升學生創造力和實務經驗，因此規劃了一年的校外實習課程。

同時，為因應國際化趨勢，課程中也強調學生外語能力的提升，規劃多門語言課程。

此外，課程規劃結合多項專業證照，提升學生在職場上的競爭力。

國立澎湖科技大學觀光休閒系課程設計，共分為基礎專業知識、觀光服務與島嶼休閒三個課程模組。

重視理論與實務結合，並安排半年且1,000小時的業界實習，以提升學生的職場能力。

專業教室也相應建置。此外，學生可依照個人興趣及需求選擇多個專業學位學程，強化職能。

四年級學生更可申請國內外交換生計畫，至少一學期的課程學習，拓展國際視野。

105學年度起，海洋運動與遊憩系更名為海洋遊憩系。

國立澎湖科技大學海洋遊憩系課程規劃則以學科、術科並自105學年度起，海洋運動與遊憩系更名為海洋遊憩系。

該系以管理實務為基礎，並著重於海洋運動技能的培養，包括帆船操作、風浪板技能、游泳與水上救生技能、潛水技能、動力小艇、輕艇、滑水等，同時也規劃了運動管理與海域遊憩等學程。

透過學科與術科並重的課程設計，該系期望能夠符合社會的實際需求，培育出海域遊憩專業經營人才和海洋運動專業技能管理人才。

國立澎湖科技大學航運管理系的課程設計著重於理論與實務並重，主要以實務知識和技能的培養為主，並規劃必要的專業知識以解決實務問題。

在課程內容方面，以海、空運課程為主軸，輔以一般管理和供應鏈管理相關課程，旨在培養學生的實務處理和應用能力，以及解決問題的能力。